Вступительные и повторные экзамены при регистрации на форуме.

[cross-track]

Сергей Хижняк написал:
 

cross-track написал:
Насколько я теперь понимаю, эти кирпичики создаются комплексно, т.е. железо и софт эволюционно создаются вместе, и они неразрывны один от другого. Но что тогда в такой связке играет основную роль, а что - вспомогательную?

Почитайте две ссылки, которые я только что дал. Увидите, что на ранних этапах железо и есть софт. Примерно как в арифмометре Феликс.

Так я же с этим не спорю. Но железо не может командовать софтом, должно быть железо для софта, а не наоборот. Я не спорю, что здесь железо и софт неразделимы, только ведь данная конструкция, содержащая софт, эволюционно побеждает потому, что выживает правильный софт, а неправильный погибает. А железо, конечно, разное у разных софтов (у правильного и неправильного софта железо разное), но выживает не железо, а выживает софт с данным железом. Разве не так?

[Зомби. Просто Зомби]

cross-track написал:
Что-то мне кажется, что именно софт лежит в основе (с точки зрения целевой функции), а железо играет роль вспомогательную.  И если химия - это железо, то какой механизм отвечает за софт? Эволюция? Но эволюция - это не атомы-молекулы, она не материальна, это больше алгоритмика. Или как?

Ну это-то уж сегодня почти что "самоочевидно".

[N.A.]

cross-track написал:
Но что тогда в такой связке играет основную роль, а что - вспомогательную?

Опять Вы все усложняете, придумав некорректную модель. Еще разок: комплекс белков копирует ДНК

в которой записана информация том, как создать эти самые белки.

Кто кем "командует"?  

[Сергей Хижняк]

Сергей Хижняк написал:
Если потом появится мутант A1, который создаёт свои копии быстрее, чем A - ситуация повторится, но теперь уже исчезнет A.

К слову, в микробных популяциях это происходит очень быстро. Посадишь в ферментёр штамм, который производит что-то полезное для нас. А потом раз - у одной из бактерий мутация, она перестаёт производить это "что-то", и соответственно, размножает себя быстрее (не тратит ресурсы на полезную для нас, но бесполезную для её размножения хрень). Не успеешь глазом моргнуть - а в ферментёре сплошь одни мутанты, а полезный исходник вымер. Это называется "автоселекция" (она же эволюция, она же автоэволюция).
И при пересевах музейных культур та же фигня. После более-менее длинной серии последовательных пересевов в очередной пробирке будет не исходник, а мутанты. Которые отличаются от исходника тем, что самотиражируются в условиях пробирки быстрее, чем исходник.

Проблема решаемая, но она существует, и её приходится учитывать в работе. Если не учитывать, то рано или поздно окажется, что ты работаешь не с исходным штаммом, а с хрен знает каким, который самовольно эволюционировал из исходного.  

[Сергей Хижняк]

cross-track написал:
Но железо не может командовать софтом

Где в атоме кислорода железо, а где - софт? Если записать в виде программы, то поведение атома кислорода при встрече с другими атомами будет весьма сложным
select case встречный_атом
case водород
делаем это
case углерод
делаем то
case углерод с присоединённым атомом хлора
делаем ещё что-то
...
Да там на целый лист будет программного кода, не меньше. Пожалуй, и на лист не вместится. Где в атоме кислорода хранится этот софт, и что в атоме кислорода софт, а что - железо?

[Сергей Хижняк]

cross-track написал:
эволюционно побеждает потому, что выживает правильный софт, а неправильный погибает. А железо, конечно, разное у разных софтов (у правильного и неправильного софта железо разное), но выживает не железо, а выживает софт с данным железом. Разве не так?

Не так. Выживает железо, которое имеет определённые свойства. Забудьте слово софт, используйте слово "свойства", и сразу станет понятно.

[Зомби. Просто Зомби]

Сергей Хижняк написал:
Вирусы синтезируют давно и успешно.

Нет.
Впрочем - вы специалист, я ламер.
Тогда вопрос, под синтезом вы понимаете "включая геном"?
То есть, вот вы "берете схему", и нуклеотид за нуклеотидом выстаиваете цепочку?

Или за основу берется таки натуральная Д/РНК, от живых вирусов?
Насколько подсказывает мне моя ламерская компетентность, пока что этого нет.
И даже если вы строите цепь из отдельных генов, а не копируете всю цепь с модификациями, то сами гены взяты от нативов.

Ну, могу не знать, прогресс сегодня шустр.

Сергей Хижняк написал:
Сущность жизни - в самокопировании с ошибками

Тоже нет.
Это,
во-первых, на сегодняшний день ПРОВЕРЯЕМОЕ утверждение, а отнюдь не установленный факт
во-вторых, здесь опять-таки имеется "незначительный семантический нюанс", тот же самый.

Сергей Хижняк написал:
Витализм

"Энтелехия в кавычках" в моем употреблении - символ-индикатор качественного отличия живого от неживого.
Объяснить, что такое жизнь - значит подобрать для него адекватное синонимическое выражение.

[Зомби. Просто Зомби]

Serge V Iz написал:
Например, чтобы "какие-то хакеры" в пять минут не поставили раком весь мир чисто из "хулиганских побуждений" )

"Чё-то мне так кажется", что Маркс предупреждал "капиталистов" отнюдь не о бунтах рабочих  

[N.A.]

Зомби. Просто Зомби написал:
Или за основу берется таки натуральная Д/РНК, от живых вирусов?

Да! Скажите-ка нам, господа учоные - кошерны ли ваши вирусы?!  :evil:

[thunder26]

cross-track написал:
 Но железо не может командовать софтом

А аппаратные прерывания? )

[Сергей Хижняк]

Зомби. Просто Зомби написал:
То есть, вот вы "берете схему", и нуклеотид за нуклеотидом выстаиваете цепочку?

Да, именно так.

[Сергей Хижняк]

Зомби. Просто Зомби написал:
И даже если вы строите цепь из отдельных генов, а не копируете всю цепь с модификациями, то сами гены взяты от нативов.

Давно уже нет. Более того, сейчас любая мало-мальски продвинутая молекулярно-биологическая контора синтезирует Вам любой ген по Вашему заказу. Вот тут прайсы на территории РФ.
https://evrogen.ru/services/gene-synthesis/service-gene-synthesis/
Более того

Синтетические фрагменты ДНК клонируются в стандартные вектора или вектора по выбору заказчика. Правильность полученной синтетической последовательности подтверждается секвенированием.

Сервис может также включать бесплатную оптимизацию первичной нуклеотидной последовательности ДНК с учетом частоты встречаемости различных кодонов для повышения уровня экспрессии гена в различных гетерологических системах экспрессии.

То есть если Вы хотите не только получить синтетический ген, но и встроить его в клетку - Вам оформят его в виде так называемого "вектора" (конструкция, облегчающая встраивание гена в хромосому). Если Вы хотите, чтобы синтетический ген работал активно - Вам его оптимизируют. То есть посмотрят на принесённую Вам бумажку  и скажут - А давайте мы вот здесь вместо AGC воткнём ACC, работать активнее будет.

[Сергей Хижняк]

P.S.

Зомби. Просто Зомби написал:
Насколько подсказывает мне моя ламерская компетентность, пока что этого нет

Более того, это было ещё в те давние годы, когда я учился в универе. Уже тогда синтезировали полинуклеотиды с наперёд заданной последовательностью. Что Вас так удивляет? Синтез РНК или ДНК (которые являются полинуклеотидами) немногим сложнее, чем синтез полиэтилена. Ну, посложнее, конечно - но это обычный химический синтез. Во времена моей студенческой молодости (1981-86) этот синтез, помнится, делали на ионообменных смолах. Даже у нас в КГУ химики делали. Посадили на смолу аденин. Промыли. Добавили тимин. Опять промыли. Добавили цитозин. Опять промыли. Вот у нас уже последовательность A-T-C. Поехали дальше, вплоть до полноразмерного гена. Немножко утрирую, но примерно так. Но это был каменный век молекулярки, сейчас всё делают гораздо быстрее, технологичнее, в автоматическом режиме. Отсюда и (относительно) низкие цены у того же Еврогена. За короткий ген - 14 тыс. руб., за длинный - до 119 тыс. руб, за экстремально длинный - договорная.

[Сергей Хижняк]

Для cross-track.

Давайте я Вам приведу пример из спелеологии (я же всё-таки спелеолог, хоть уже и неактивный). Сначала - фото, а потом - комментарий.

[Сергей Хижняк]

Вот ещё.

[cross-track]

Сергей Хижняк написал:
 

cross-track написал:
Но железо не может командовать софтом

Где в атоме кислорода железо, а где - софт? Если записать в виде программы, то поведение атома кислорода при встрече с другими атомами будет весьма сложным
select case встречный_атом
case водород
делаем это
case углерод
делаем то
case углерод с присоединённым атомом хлора
делаем ещё что-то
...
Да там на целый лист будет программного кода, не меньше. Пожалуй, и на лист не вместится. Где в атоме кислорода хранится этот софт, и что в атоме кислорода софт, а что - железо?

Я уже говорил, что атом кислорода - это не пример. В неорганической природе есть много других, гораздо более сложных объектов вплоть до Вселенной, но мы не относим их к живым. Планеты притягиваются не по алгоритму, а согласно Ньютону (упрощенно), и закон Ньютона только описывает притяжение, но не является его причиной, и то же относится к атомам и молекулам. Так что не будем отклоняться в сторону от биологических оснований жизни.

[Сергей Хижняк]

Все эти фото сделаны в пещере Женевская. Там этих разных натечек - 100500 и больше, но этих достаточно. Все эти разнообразные натечные образования, равно как и сама пещера с огромным разнообразием подземных ландшафтов, сделаны следующими химическими реакциями.
CO2+H2O <> H2CO3
H2CO3 <> H(+) + HCO3(-)
CaCO3 <> Ca(2+) + CO3(2-)
CO3(2-) + H(+) <> HCO3 (-)

[Сергей Хижняк]

Внимание - вопрос. Я написал 4 обратимые реакции, которые создали всё то, что на фото, плюс ещё очень много всего. Что будет создано конкретно (собственно пещера, сталактит, сталагмит, геликтит) определяется балансом этих четырёх реакций. Где в этих реакциях софт?

Биологические системы работают примерно также. Есть набор химических реакций, между ними есть некие химические же балансы. Только в живой клетке реакций побольше. Так что забудьте слово "софт" применительно к живым системам. В живых системах софта не больше, чем в упомянутых четырёх реакциях. Термин "софт" удобно применять, когда в рамках общеобразовательной дисциплины "экология" объясняешь работу клетки студентам инженерного направления СибГАУ (который сейчас СибГУ), особенно - группам программистов. Однако этот термин может ввести в заблуждение. На самом деле никакого софта в клетках нет.

[cross-track]

Сергей Хижняк написал:
 

cross-track написал:
эволюционно побеждает потому, что выживает правильный софт, а неправильный погибает. А железо, конечно, разное у разных софтов (у правильного и неправильного софта железо разное), но выживает не железо, а выживает софт с данным железом. Разве не так?

Не так. Выживает железо, которое имеет определённые свойства. Забудьте слово софт, используйте слово "свойства", и сразу станет понятно.

Нет, смена понятий здесь не поможет. Слово "свойства" и слово "софт" не взаимозаменяемы. Свойства описывают конечную цель локальной эволюции (создать объект с заданными, улучшенными свойствами), а софт является неотъемлемым встроенным механизмом, который, наряду с железом, позволяет достичь это цели. Железо без софта мертво, именно софт вдыхает в железо жизнь.

[Сергей Хижняк]

cross-track написал:
Планеты притягиваются не по алгоритму

Живые системы тоже работают не по алгоритму. И эволюция (см. выше пример с мутантами A и A1) алгоритмов не имеет. Термин "алгоритм", равно как и "софт", удобно применять для описания работы живых систем. Однако на самом деле внутри клетки никаких алгоритмов нет. Есть просто система обратимых и необратимых химических реакций. Эта система сложнее, чем та, которая создаёт красивые сталактиты-сталагмиты - но это всё равно система химических реакций. И вещества (от молекулы сахара до молекулы ДНК) ведут себя в этой системе в соответствии со своими химическими свойствами, а не в соответствии с некими алгоритмами.